昆腔的老祖宗——昆山腔，诞生于元末明初，因它成形于昆山，便被称作昆山腔，与江西的弋阳腔、浙江的海盐腔、余姚腔并称为南戏四大声腔。昆山腔为第一代昆腔，当时主要流行在吴中一带。比起四大声腔其它各腔，昆山腔在伴奏方面一改“不托管弦”的南戏范式，而使用了“笛、管、笙、琶”等管弦乐器，同时，它的曲调是四大声腔中最雅化的。
明嘉靖十年至二十年前后（约公元1531——1541年），魏良辅集南戏、北曲、当地民歌小调的优长，花费十数年时间，创作出与原来的昆山腔几乎全然不同的一种新腔。这种腔的旋律细腻委婉，吐字运气讲究，风格典雅，人们昵称其为“水磨调”，这是第二代昆腔。
魏良辅的“水磨调”，最初只以“冷板曲”（即清唱形式）流传。后来，剧作者们开始把这种新腔用于剧作，其中具有里程碑式代表意义的是，昆山另一位音乐家兼传奇作家梁辰鱼（约公元1521——1594年）用新腔写了一部《浣纱记》传奇（约公元1566年），一时盛演于剧坛。在这出戏里，梁辰鱼等在魏良辅吸取南、北精华的基础之上，继续发展出北方昆曲、曲调与范式。
《浣》剧共四十五出戏，其中四十一出采用的是水磨调格律，两出采用北曲，另两出采用了南、北合套的对比形式。于是，昆剧立刻受到南、北观众的欢迎，昆腔跨上了一个新的台阶。因此，梁辰鱼的《浣》剧中使用的昆腔被称为第三代昆腔。
随着《浣》剧的出现，昆剧进入成熟期，“昆剧”这个名称其实是20世纪20年代才开始使用的，过去大多称其为“昆曲”。
昆剧是只采用昆腔这一单一声腔演故事的剧种。昆剧的产生，不仅是昆腔自身发展的成熟标志，它还是中国戏曲发展的成熟标志。它又是我国最雅化的剧种，是受文人雅士、艺术专家精心呵护培植的特殊戏曲品种，因此，它能够集音乐、舞蹈、杂技、武术、文学朗诵、戏剧表演等等中国传统艺术之大成，而一度成为中外公认的“国剧”，被誉为“百戏之祖”或“百戏之乳”。
昆剧对戏曲的“祖”、“乳”之功，主要体现在以下几方面：
1.昆剧所展示的综合性特点是极其完善的，它将“载歌载舞”的戏曲艺术推至“无声不歌，无动不舞”的顶峰（至今没有哪个剧种能够超越）。以至昆剧为戏曲其它剧种奠定了一种综合性表演——“唱、念、做、打”的基本模式。
2.昆剧的舞台表演、演唱技术等方面都被锤炼得极其精湛，以至今天，其他剧种的演员还在把昆剧的著名段子当作基本功训练的必修课。此所谓“昆训”之说。
3.昆剧的剧目之多，承前继后地囊括了民间许多传奇，成为各剧种移植的故事源。这些剧本，由于上流社会文人雅士参与较多，又极有文学价值。
4.由于昆剧的前“国剧”地位，它在曲谱文卷遗存方面是其他剧种远不能及的。仅《九宫大成南北词宫谱》一书中就收有4466个曲牌。
5.昆曲演唱对发声用气、口法、润腔都有着极其严格的要求，魏良辅的《曲律》、徐大椿的《乐府传声》、沈宠绥的《度曲须知》、俞粟庐的《度曲刍言》等，都是明、清以来有关昆曲唱法以至声乐理论的重要著述，对我们研究昆曲的唱法和中国戏曲的声乐理论，直到今天都很有价值。
昆腔使用曲牌体音乐结构。即：它由许多独立的曲调（曲牌）按照戏剧需要联缀而成。所谓“曲牌”是指那些经常被用来填词的旋律程式。
昆曲作为中国戏曲发展到成熟期的一个突出体现，是它在音乐（腔）与歌词（文字）的结合上，经过千锤百炼，出现了一个前所未有的高峰。汉语是声调语言，音和字的结合极为重要，把字唱倒（音与字的声调相背）就会让人误解词意。昆曲很讲究“出口腔”（或称腔头）。
昆曲作为声乐艺术的另一大贡献是，它深化了汉语在咬字方面所能显现的特殊美感。昆曲在咬字上的最基本要求是，交代清楚每个字的头、腹、尾 ，讲究字头要有喷口，字腹要圆润，字尾要做到归韵准确干净，以达到“字正腔圆”的最佳效果。
南曲与北曲虽同为昆曲但在其分离之初与后来的发展中，它们既受南北不同地域文化的影响，也受艺术家们人为的作用，而形成两种风格各异又可以互补的类型。它们最主要的差异在于：
1.音阶。在记载昆曲的工尺谱里，北曲是按七声音阶记录的，南曲则按五声音阶（不记乙、凡二字），但实际演唱中，乙、凡作为经过音、装饰音也常常出现。
2.读字。北曲遵循《中原音韵》，四声分阴（阴平）阳（阳平）上去，念字多从普通话；南曲遵循《洪武正韵》，念字多从苏州话。
3.调和韵。北曲一出戏一韵一调到底；南曲一出戏不限一调，也可以换韵。
4.词曲关系。北曲一般为“辞情多”（词位较密），“声情少”（拖腔较少）；南曲则“声情多”“辞情少”，吐出一个字来，常常要在一段腔（音乐）里上下游曳好一阵，才进入下一个字。
5.旋法特点。北曲常用四、五度及八度以上的跳进，造成旋律激越、舒朗的阳刚之气；南曲则多用五声级进，因此其旋律缠绵委婉。
6.唱法特点。北曲发声较“硬挺直截”，“以遒劲为主”；南曲讲究吞吐收放，追求声音的起伏多变。且因南曲常用入声字，其“短促即收藏”的特点，与音乐结合时就需“逢入必断”，而乐句的内在关系又是相连的，在演唱时便造成极有特色的“断中有连”。
7.演唱形式。北曲一般只用独唱这一种形式，且在一出戏里一人唱到底，其他角色只有说白，不能唱；南曲则用独唱、接唱、同唱（二人）、合唱（即齐唱）、独唱接齐唱等多种形式演唱。
8.剧目。北曲里武打剧目较多；南曲则侧重文戏。
以上八点都是一目或一听而了然的南北曲差异。除此之外，它们之间还有诸多不同，如：南北曲在加衬方面的差异，南北曲在组套方面的差异，南北曲在腔格使用上的差异，南北曲在曲式方面的差异等等。
